แม่น้ำในเอสโตเนียมีขนาดเล็กมากและในบรรดาแม่น้ำเจ็ดร้อยสายของประเทศ มีเพียงเก้าสายที่สามารถเอาชนะเครื่องหมายหนึ่งร้อยกิโลเมตรได้
แม่น้ำปิอูซา
Piusa ผ่านดินแดนของสองรัฐ - สาธารณรัฐเอสโตเนียและรัสเซีย ความยาวรวมของก้นแม่น้ำคือเก้าสิบสามกิโลเมตร การแบ่งส่วนมีดังนี้: เอสโตเนียเป็นเจ้าของ Piusa แปดสิบกิโลเมตร; ส่วนแบ่งของดินแดนรัสเซียคิดเป็นสิบสามกิโลเมตรเล็กน้อย พื้นที่เก็บกักน้ำรวม 796 ตารางกิโลเมตร
แหล่งที่มาของแม่น้ำตั้งอยู่บนดินแดนเอสโตเนียในน่านน้ำของทะเลสาบ Alasjärv (หมู่บ้าน Villa ตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้จากหมู่บ้าน Vastseliina - สิบสองกิโลเมตร) ปากแม่น้ำเป็นกระจกเงาของทะเลสาบ Peipsi ซึ่งอยู่ไม่ไกลจากหมู่บ้าน Budovizh ที่จุดบรรจบกัน ปิอูซูแบ่งไหลลงสู่ทะเลสาบเป็นสองกิ่ง
แม่น้ำสายกลาง - สิบแปดกิโลเมตรระหว่างหมู่บ้าน Vastseliina และ Saetamme - วิ่งไปตามโพรงที่สวยงาม เธอคือผู้ที่กลายเป็นสถานที่จัดระเบียบสำรอง ก่อตั้งขึ้นในปี 2508 และครอบคลุมพื้นที่ทั้งหมดกว่าเก้าตารางกิโลเมตร
แม่น้ำโวฮันดู
Võhanduเป็นทางน้ำที่ยาวที่สุดในสาธารณรัฐ ความยาวรวมเท่ากับหนึ่งร้อยหกสิบสองกิโลเมตร แหล่งที่มาของ Võhandu ตั้งอยู่ใกล้กับนิคม Saverna ของเอสโตเนีย หลังจากนั้นก็ผ่านส่วนลึกของทะเลสาบจิกซีและสิ้นสุดการเดินทางโดยเชื่อมต่อกับผืนน้ำของทะเลสาบอันอบอุ่น สิ่งนี้เกิดขึ้นไม่ไกลจากหมู่บ้าน Võõpsu
เป็นที่น่าสังเกตว่าก่อนที่ทะเลสาบ Vagula ชาวบ้านจะเรียกแม่น้ำสายนี้ว่า Pyhajõgi แต่หลังจากออกจากน่านน้ำแล้ว - Voo
เรือแล่นไปตามแม่น้ำตามส่วนที่ล้อมรอบด้วยทะเลสาบ Peipsi และท่าเรือที่ตั้งอยู่ในอาณาเขตของหมู่บ้านVõõpsu ลำธารหลายสายเป็นแหล่งจ่ายน้ำหลักให้กับโวฮันดู
แม่น้ำปาน
ปาร์นูเป็นแม่น้ำเอสโตเนียที่มีความยาวรวมหนึ่งร้อยสี่สิบสี่กิโลเมตร พื้นที่เก็บกักน้ำรวมเกือบเจ็ดตารางกิโลเมตร แหล่งที่มาของแม่น้ำคือทะเลสาบขนาดเล็กที่มีต้นกำเนิดจากฤดูใบไม้ผลิ (ไม่ไกลจาก Roosno-Alliku) แต่สิ้นสุดเส้นทางPärnuซึ่งไหลลงสู่น่านน้ำของอ่าว Pärnus (ส่วนหนึ่งของอ่าวริกาพื้นที่น้ำบอลติก).
แม่น้ำเป็นอาหารผสม และถ้าในต้นน้ำลำธารน้ำบาดาลกลายเป็นซัพพลายเออร์แล้วฝนก็จะตกที่ต้นน้ำลำธาร แม่น้ำไม่เคยหยุดนิ่งในฤดูหนาว หากเกิดเหตุการณ์นี้ขึ้น น้ำแข็งจะก่อตัวตั้งแต่ช่วงทศวรรษที่สองของเดือนธันวาคมไปจนถึงสิ้นเดือนมีนาคม
แม่น้ำสามารถเดินเรือได้เฉพาะบริเวณที่บรรจบกันเท่านั้น ท้องแม่น้ำมีเขื่อนกั้นไว้ 11 แห่ง