แม่น้ำของทาจิกิสถานมีน้ำไหลเต็มที่และส่วนใหญ่เป็นของลุ่มน้ำอารัล และมีเพียงไม่กี่สายที่ไหลลงสู่น่านน้ำของทะเลสาบคารากุลหรือแม่น้ำทารีมา
แม่น้ำอามูดารยา
ช่องทางของ Amu Darya ผ่านอาณาเขตของสี่ประเทศพร้อมกัน - อัฟกานิสถานทาจิกิสถานอุซเบกิสถานและเติร์กเมนิสถาน ความยาวรวมของช่องคือ 2,400 กิโลเมตร ในจำนวนนี้มีระยะทาง 1,415 กิโลเมตรผ่านประเทศ แหล่งที่มาของ Amu Darya เกิดจากการบรรจบกันของแม่น้ำสองสาย - Vakhsh และ Pyanj ปากแม่น้ำเป็นน่านน้ำของทะเลอารัล (ที่จุดบรรจบกันทำให้เกิดสามเหลี่ยมปากแม่น้ำขนาดใหญ่)
มีแควไม่กี่แห่งใกล้แม่น้ำ โดยเฉลี่ยแล้ว Amu Darya ได้รับน้ำของ Kafirnigan, Surkhandarya และ Sherebad รวมถึงแม่น้ำสาขาเดียว - แม่น้ำ Kunduz และยิ่งไปกว่านั้น จนถึงจุดบรรจบกัน ก็ไม่มีแม่น้ำสาขาอีกต่อไป มีการใช้น้ำในแม่น้ำอย่างแข็งขันดังนั้น Amu Darya จึงไม่สามารถเข้าถึงทะเลอารัลได้ นี่คือสิ่งที่กลายเป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้แห้ง
ในน่านน้ำของ Amu Darya มีปลาหลายชนิดที่แตกต่างกัน: asp; คนหัวล้าน; ปลาดุกอารัล; ทรายแดง; ปลากะพง; ปลาคาร์พสีเงิน; อามูร์สีขาว; เกลียด.
แม่น้ำวันจ์
แม่น้ำสายหนึ่งซึ่งเป็นช่องทางที่ตั้งอยู่ในอาณาเขตของทาจิกิสถานเท่านั้น เป็นสาขาทางขวาของแม่น้ำปิน ความยาวรวมของแม่น้ำคือ 103 กิโลเมตร แหล่งที่มาเกิดจากการบรรจบกันของแม่น้ำสองสาย - สายหนึ่งไหลลงมาจากธารน้ำแข็งของสันเขา Vanch อีกสายหนึ่งมาจากสันเขาของ Academy of Sciences (ทางลาดตะวันตก) ช่องทางวิ่งระหว่างสันเขา Vanch และ Darvaz
แม่น้ำกัชกาดารยา
ในดินแดนก้นแม่น้ำไหลผ่านดินแดนทาจิกิสถาน (ภูมิภาค Sughd) และอุซเบกิสถาน (ภูมิภาค Kashkadarya) ตามอัตภาพแม่น้ำมีสามชื่อ: ในต้นน้ำลำธาร - Obikhunda; สายกลาง - ชินาชาไซ; ล่าง - ไมมานาคาทัย.
ความยาวรวมของช่องคือ 378 กิโลเมตร แหล่งที่มาของแม่น้ำอยู่ที่ระดับความสูง 2960 เมตรจากระดับน้ำทะเลและเกิดจากแม่น้ำสองสายที่ไม่มีชื่อ สาขาหลัก: Akdarya (Aksu); ทันฮิดิซาดาร์ยา; กูซาร์ดาเรีย
แม่น้ำมุกสุ
ความยาวรวมของช่องคือ 88 กิโลเมตร Muksu ตั้งอยู่ในภูมิภาค Jirgatal ของทาจิกิสถาน แหล่งที่มาคือการบรรจบกันของแม่น้ำสองสาย: Seldara และ Sauksoy (ธารน้ำแข็ง Fedchenko และ Bolshoi Saukdar)
แม่น้ำคูซิลซู
Kyzylsu ซึ่งแปลว่า "แม่น้ำแดง" ไหลผ่านอาณาเขตของคีร์กีซสถานและทาจิกิสถาน แหล่งที่มาคือความลาดชันของเทือกเขาทรานส์อะไล ความยาวรวมของช่องคือ 235 กิโลเมตร ที่บรรจบกับแม่น้ำมุกซูทำให้เกิดแม่น้ำวัคช
แม่น้ำวัชช
ความยาวรวมของช่องแม่น้ำคือ 786 กิโลเมตรและทั้งหมดผ่านอาณาเขตของทาจิกิสถาน แหล่งที่มาของแม่น้ำอยู่บนเนินเขาของ Pamir แต่จุดที่บรรจบกับแม่น้ำ Pyanj ทำให้เกิด Amu Darya ที่ยิ่งใหญ่ แม่น้ำเป็นแหล่งหลักเพื่อการชลประทานและการผลิตไฟฟ้า