รถไฟใต้ดินในเมืองหลวงของเปอร์โตริโก ซานฮวน เป็นรถไฟใต้ดินแห่งเดียวในประเทศ มีขนาดเล็กและมีความยาวเพียงเส้นเดียวเพียง 17 กิโลเมตรเท่านั้น เปิดให้บริการ 16 สถานีสำหรับผู้โดยสาร โดยมีเพียง 2 สถานีเท่านั้นที่อยู่ใต้ดิน ส่วนที่เหลือจะอยู่ที่ระดับพื้นดินหรืออยู่เหนือพื้นดิน
รถไฟใต้ดินสายซานฮวนเริ่มก่อสร้างในปี 1997 มีการวางแผนการเปิดอย่างเป็นทางการในปี 2544 แต่วันที่ถูกเลื่อนออกไปหลายครั้ง การเปิดตัวในปี 2547 ไม่ได้ทำให้ผู้อยู่อาศัยในมหานครนับล้านๆ พึงพอใจในช่วงเวลาสั้นๆ รถไฟเริ่มเคลื่อนไหวอีกครั้งในฤดูร้อนปี 2548 เท่านั้น
บริษัทซีเมนส์เป็นผู้จัดหารถไฟไปซานฮวน และปัจจุบันมีรถบรรทุก 74 คันแทน ทุกห้องเป็นห้องปรับอากาศซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งและสำคัญยิ่งในสภาพอากาศที่ร้อนและชื้นของเปอร์โตริโก ในช่วงเวลาเร่งด่วน มีรถไฟ 15 ขบวนให้บริการ โดยแต่ละขบวนมีรถ 6 คัน ตู้โดยสารสามารถรองรับผู้โดยสารได้มากถึง 180 คน ในขณะที่สามารถรองรับผู้โดยสารได้ 72 ที่นั่ง ความเร็วสูงสุดที่รถไฟใต้ดินซานฮวนสามารถเข้าถึงได้คือ 100 กม. ต่อชั่วโมง
รถไฟครอบคลุมเส้นทาง 17 กม. ในครึ่งชั่วโมง สถานีปลายทางของรถไฟใต้ดินซานฮวนคือ Bayamon และ Sagrado Corazon ทั้งสองสถานีเป็นสถานีภาคพื้นดิน และผู้โดยสารต้องลงใต้ดินที่ทางเข้าริโอเปโดรและมหาวิทยาลัย สายรถไฟใต้ดินที่มีอยู่แล้วข้ามเมืองจากตะวันตกไปยังใจกลางเมือง แล้วเลี้ยวไปทางทิศเหนือเกือบสุดทาง
ขณะนี้ทางการกำลังวางแผนการก่อสร้างสาขาอื่น ซึ่งจะช่วยรับรองการส่งมอบผู้โดยสารไปยังสนามบินนานาชาติของเมืองหลวงเปอร์โตริโก
ปัญหาของรถไฟใต้ดินซานฮวนคืออัตราการเข้าพักต่ำ เนื่องจากเส้นทางไม่ผ่านใกล้กับกระแสการคมนาคมภาคพื้นดินที่สำคัญ ดังนั้นในปัจจุบันรถไฟจึงใช้งานได้เพียง 15% ของฟังก์ชันการทำงานทั้งหมด
ชั่วโมงรถไฟใต้ดินซานฮวน
รถไฟใต้ดินของเมืองหลวงเปอร์โตริโกเริ่มทำงานทุกวันเวลา 05.30 น. ผู้โดยสารคนสุดท้ายสามารถใช้บริการรถไฟใต้ดินได้ไม่เกิน 23.30 น. รถไฟเคลื่อนที่เป็นช่วง ๆ ประมาณแปดนาที แต่ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน ความถี่ของการปรากฏตัวของมันที่สถานีจะเพิ่มขึ้น และช่วงเวลาระหว่างพวกเขาไม่เกินห้านาที
ตั๋วรถไฟใต้ดินซานฮวน
ราคาโดยสารรถไฟใต้ดิน Sun Haun คือ 1.50 เหรียญ
